Forschungszulage für Softwareunternehmen (SaaS): Das übersehene Geld

Ein SaaS Unternehmen mit drei Entwicklern, die überwiegend an einer neuen Verarbeitungslogik arbeiten, und einem Geschäftsführer, der selbst mitentwickelt, kommt für das Jahr 2026 auf eine Forschungszulage von rund 117.000 Euro. Ausgezahlt wird sie auch dann, wenn das Unternehmen Verlust macht. Der Antrag kostet nichts, und er lässt sich bis zu vier Jahre rückwirkend stellen.

Trotzdem ist die Forschungszulage in der Softwarebranche kaum angekommen. Seit Einführung im Jahr 2020 haben nach Zahlen der zuständigen Bescheinigungsstelle rund 26.000 Unternehmen überhaupt einen Antrag gestellt. Das ZEW schätzt, dass die Förderung nur etwa 4,7 Prozent der internen Forschungs- und Entwicklungsaufwendungen deutscher Unternehmen abdeckt. Der häufigste Grund ist kein steuerlicher, sondern ein sprachlicher: Wer Software baut, nennt das Produktentwicklung, nicht Forschung.

Was die Forschungszulage für SaaS ist

Die Forschungszulage nach dem Forschungszulagengesetz ist keine Subvention, die vergeben oder abgelehnt wird, sondern ein Rechtsanspruch. Anspruchsberechtigt ist jedes steuerpflichtige Unternehmen mit Einkünften aus Land- und Forstwirtschaft, Gewerbebetrieb oder selbständiger Arbeit, unabhängig von Größe, Rechtsform und Branche. Einzelunternehmen, Personengesellschaften und Kapitalgesellschaften sind gleichermaßen erfasst.

Der entscheidende Konstruktionsunterschied zu klassischen Förderprogrammen liegt in der Auszahlung. Die festgesetzte Zulage wird bei der nächsten Steuerfestsetzung vollständig auf die Steuer angerechnet. Übersteigt sie die Steuerschuld, wird der Rest erstattet. Für ein Unternehmen in der Verlustphase ist die Forschungszulage damit kein Steuervorteil auf dem Papier, sondern Liquidität auf dem Konto.

Ausgeschlossen sind im Wesentlichen nur Unternehmen in Schwierigkeiten im Sinne des EU Beihilferechts. Für Startups mit hohen Verlustvorträgen und negativem Eigenkapital ist das ein realer Prüfpunkt und sollte vor der Antragstellung geklärt werden.

Wie hoch die Förderung ausfällt

Der Fördersatz beträgt 25 Prozent der Bemessungsgrundlage. Kleine und mittlere Unternehmen können eine Erhöhung um zehn Prozentpunkte auf 35 Prozent beantragen. Wichtig ist das Wort beantragen: Die Erhöhung ist kein Automatismus, sie muss aktiv geltend gemacht werden. Als KMU gilt nach EU Definition ein Unternehmen mit weniger als 250 Beschäftigten und höchstens 50 Millionen Euro Umsatz oder 43 Millionen Euro Bilanzsumme, wobei verbundene und Partnerunternehmen einzurechnen sind. Bei stark finanzierten Startups kann eine Beteiligungsstruktur die Schwellen kippen.

Für die allermeisten Softwareunternehmen sind diese Deckel theoretisch. Praktisch entscheidet nicht die Obergrenze, sondern wie sauber die förderfähigen Aufwendungen ermittelt und belegt werden.

Was sich 2026 bei der Forschungszulage geändert hat

Das Gesetz für ein steuerliches Investitionssofortprogramm hat die Forschungszulage zum 1. Januar 2026 spürbar aufgewertet. Drei Punkte sind relevant.

Erstens gibt es eine Gemeinkostenpauschale von 20 Prozent der übrigen förderfähigen Aufwendungen, ohne Einzelnachweis. Das ist wirtschaftlich der größte Hebel, weil Sach- und Materialkosten sonst außen vor bleiben. Ob die Pauschale nur für Vorhaben gilt, die nach dem 31. Dezember 2025 begonnen wurden, oder für alle ab 2026 entstandenen Aufwendungen, wird in der Fachliteratur unterschiedlich gesehen. Bei laufenden Altvorhaben sollte das vor der Kalkulation geklärt werden.

Zweitens steigt der Stundensatz für Eigenleistungen von 70 auf 100 Euro. Drittens steigt die maximale Bemessungsgrundlage von 10 auf 12 Millionen Euro.

Wann Softwareentwicklung förderfähig ist

Begünstigt sind Grundlagenforschung, industrielle Forschung und experimentelle Entwicklung. Für Software ist praktisch immer die experimentelle Entwicklung einschlägig. Die Bescheinigungsstelle prüft drei Kriterien, und alle drei müssen erfüllt sein:

• Neuartigkeit. Das Vorhaben muss neue Erkenntnisse anstreben oder bekannte Technologien in einer neuen Weise kombinieren. Entscheidend ist, dass es nicht nur für das eigene Unternehmen neu ist, sondern über den Stand der Technik im Wirtschaftszweig hinausgeht. Ein sauberer Vergleich mit Wettbewerbsprodukten, Fachliteratur und bestehenden Lösungen gehört deshalb in jeden Antrag.
• Technische Unwägbarkeit. Es muss ein echtes wissenschaftlich technisches Risiko geben, das ein Scheitern realistisch macht. Wirtschaftliche Risiken zählen ausdrücklich nicht. Die Frage lautet nicht, ob sich das Produkt verkaufen lässt, sondern ob zu Beginn offen war, ob es technisch überhaupt funktioniert.
• Planmäßigkeit. Das Vorhaben muss eine abgegrenzte Aufgabe mit definierten Zielen, Methoden und einem Zeit- und Arbeitsplan sein. Agile Arbeitsweisen sind kein Ausschlussgrund, aber Sprints allein ersetzen keinen Arbeitsplan. Wer Forschungszulage beantragen will, braucht eine Vorhabensbeschreibung, die über das Backlog hinausgeht.

Daraus ergibt sich eine ziemlich klare Trennlinie. Förderfähig sind zum Beispiel neue Algorithmen oder Verfahren des maschinellen Lernens, die über bestehende Ansätze hinausgehen, neuartige Architekturen für Anforderungen, für die es keine etablierte Lösung gibt, und Verfahren zur Verarbeitung unstrukturierter Daten mit offenem Ausgang.

Nicht förderfähig sind dagegen Entwicklungen mit bekannten Methoden und vorhandenen Werkzeugen, die Portierung bestehender Software in die Cloud, Datenmigrationen, Konfiguration etablierter Systeme, routinemäßiges Bugfixing, Testing und Dokumentation, Oberflächen Redesigns und Customizing für einzelne Kunden. Ebenfalls außen vor bleiben vorgelagerte Tätigkeiten wie Marktforschung und Machbarkeitsstudien sowie nachgelagerte wie Markteinführung und Support.

Welche Kosten in die Bemessungsgrundlage gehören

• Löhne und Gehälter des Forschungspersonals einschließlich der Arbeitgeberanteile zur Zukunftssicherung, anteilig nach dem dokumentierten Zeitanteil für das Vorhaben.
• Eigenleistungen von Einzelunternehmern und Mitunternehmern mit 100 Euro je Stunde und höchstens 40 Stunden pro Woche.
• Auftragsforschung mit 70 Prozent des Entgelts, sofern der Auftragnehmer seine Geschäftsleitung in der EU oder im EWR hat.
• Abschreibungen auf bewegliche Wirtschaftsgüter, die ausschließlich für das Vorhaben genutzt werden, etwa dedizierte Serverhardware. Geringwertige Wirtschaftsgüter und Sammelposten sind ausgenommen.
• Die Gemeinkostenpauschale von 20 Prozent auf die übrigen förderfähigen Aufwendungen.

Ein Punkt wird regelmäßig verwechselt. Der Stundensatz von 100 Euro für Eigenleistungen gilt nur für Einzelunternehmer und Mitunternehmer von Personengesellschaften. Der Gesellschafter Geschäftsführer einer GmbH ist steuerlich Arbeitnehmer, sein tatsächliches Gehalt läuft über die Personalkosten. Voraussetzung ist ein fremdüblicher Anstellungsvertrag. Ein überhöhtes Gehalt ist nicht förderfähig und trägt zusätzlich das Risiko einer verdeckten Gewinnausschüttung.

Wichtig ist außerdem das Doppelförderungsverbot. Aufwendungen, die bereits über ein anderes Programm oder EU Mittel gefördert wurden, dürfen nicht noch einmal in die Bemessungsgrundlage. Parallele Förderungen sind erlaubt, aber die Kosten müssen sauber getrennt sein.

Das Verfahren zur Forschungszulage: zwei Stufen

Zuerst wird bei der Bescheinigungsstelle Forschungszulage die inhaltliche Bescheinigung beantragt, vollständig digital über das Portal der Stelle. Der Antrag ist kostenfrei, die Bearbeitung erfolgt in der Regel innerhalb von drei Monaten. Die Bescheinigung ist ein Grundlagenbescheid und für das Finanzamt bindend. Sie kann für vergangene, das laufende und bis zu drei künftige Wirtschaftsjahre ausgestellt werden, ein früher Antrag deckt also mehrere Jahre ab.

Erst danach und erst nach Ablauf des Wirtschaftsjahres folgt der Antrag beim Finanzamt über ELSTER. Pro Wirtschaftsjahr wird ein Antrag gestellt, der alle förderfähigen Aufwendungen umfasst.

Rückwirkend ist der Antrag im Rahmen der vierjährigen Festsetzungsfrist möglich. Für das Wirtschaftsjahr 2022 läuft die Frist damit bis zum 31. Dezember 2026. Wer in den letzten Jahren entwickelt hat, ohne die Zulage zu beantragen, sollte das jetzt prüfen und nicht erst im nächsten Jahresabschluss. Wie sich das ins Zusammenspiel mit dem Jahresabschluss der GmbH einfügt, ist dabei ebenfalls zu beachten.

Ein Rechenbeispiel für die Forschungszulage als SaaS

Eine SaaS GmbH mit KMU Status, Wirtschaftsjahr 2026, ein bescheinigtes Vorhaben. Drei Entwickler mit je 80.000 Euro Bruttogehalt und 16.000 Euro Arbeitgeberanteil, davon 80 Prozent der Arbeitszeit im Vorhaben, ergeben 230.400 Euro. Der beherrschende Gesellschafter Geschäftsführer mit 120.000 Euro Gehalt und 40 Prozent Vorhabensanteil bringt weitere 48.000 Euro. Zusammen sind das 278.400 Euro.

Die Gemeinkostenpauschale von 20 Prozent erhöht die Bemessungsgrundlage auf 334.080 Euro. Bei einem Fördersatz von 35 Prozent ergibt das eine Forschungszulage von 116.928 Euro. Ohne KMU Erhöhung wären es 83.520 Euro, ohne Gemeinkostenpauschale 97.440 Euro. Allein diese beiden Punkte machen im Beispiel über 33.000 Euro aus.

Die Zeitanteile sind dabei keine Schätzung, sondern müssen durch Stundenaufzeichnungen belegt werden. Support, Vertrieb, Wartung, Bugfixing und Kundenprojekte gehören nicht hinein.

Typische Ablehnungsgründe bei der Forschungszulage

• Die technische Unwägbarkeit ist nicht dargelegt. Das ist der mit Abstand häufigste Grund.
• Die Neuartigkeit bezieht sich nur auf das eigene Unternehmen, nicht auf den Stand der Technik.
• Der Antrag beschreibt Produktfeatures und Kundennutzen statt technischer Fragestellungen.
• Es gibt keine Arbeitspakete, Meilensteine oder Zieldefinitionen, sondern nur ein Backlog.
• Stundenaufzeichnungen fehlen oder enthalten Routinetätigkeiten wie Support und Testing.
• Die KMU Erhöhung wurde schlicht nicht beantragt.
• Stichtage wurden nicht getrennt, etwa 70 und 100 Euro Eigenleistung oder 60 und 70 Prozent Auftragsforschung über Jahresgrenzen hinweg.

Auffällig ist, dass die meisten Ablehnungen keine steuerlichen, sondern inhaltliche Gründe haben. Nach Auswertungen des ZEW wird ein Viertel bis ein Fünftel der beantragten Aufwendungen nicht anerkannt, während rund drei Viertel der beschiedenen Vorhaben vollständig positiv beschieden werden. Wer sauber abgrenzt und dokumentiert, hat gute Chancen.

Stefan Liffers

Stefan ist Steuerexperte für digitale Geschäftsmodelle bei Skalar. Aus der Arbeit mit E-Commerce, SaaS und Beteiligungsgesellschaften kennt er die Praxis wachsender Unternehmen. Er zeigt, wie automatisierte Steuerprozesse Gründern Freiraum schaffen.

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